În anul 1699, potrivit tratatului semnat la Karlovitz, la încheierea ostilitatilor dintre cele doua mari puteri militare din zona polonezii trebuiau sa paraseasca cetatile si manastirile din Moldova, iar turcii sa elibereze Camenita si teritoriul ocupat în Ucraina. În acelasi timp, turcii se obligau sa nu refaca cetatile din Moldova, pe care trebuiau sa n-o transforme în pasalâc. Câtiva ani mai târziu, Antioh Cantemir (1705-1707), pentru a grabi plecarea polonilor a trimis o armata în frunte cu Lupu Costachi la Suceava si la Neamt si "scoasera pre toti lesii din tara". În timpul luptelor, orasul de la poalele cetatii a suferit mari distrugeri, atât în ceea ce priveste constructiile civile, cât si cele religioase: Biserica Domneasca "Sf. Dumitru", Biserica "Adormirea Maicii Domnului" ridicata de Gheorghe Stefan si biserica catolica. Timp de peste un deceniu de acum înainte, Cetatea Neamtului nu mai apare decât în documentele ce se refera la manastirea Sf. Nicolae din cetate, de mult timp subordonata fata de Manastirea Secu.

Va reveni în actualitate odata cu izbucnirea razboiului austro-turc din 1716-1718, care s-a desfasurat si pe teritoriul Moldovei. Partida austrofila, în frunte cu Vasile Ceaurul, un nepot de-al fostului domn Gheorghe Stefan, a încercat eliberarea tarii de turci cu ajutorul austriecilor. Un corp expeditionar austriac, condus de francezul François Ernaut de Lorena, trece muntii si ocupa Cetatea Neamt, câteva manastiri întarite (Casin, Mira, Sucevita) si ajunge pâna la Câmpulung. Înainte de a intra în cetate, austriecii si-au asigurat merindele necesare de la locuitorii din vecinatate si "au mai tocmitu ce era stricatu în cetate", iar pentru aprovizionarea cu apa "au deschisu si putul celu vechiu si adâncu al cetatii". De aici au pornit spre Iasi, pentru a-l prinde pe domnitorul Mihai Racovita (1703-1705; 1707-1709; 1715-1729), ramas credincios Portii. Dar, cu ajutorul tatarilor, corpul expeditionar austriac e